Toni Kroos wuchs im Greifswalder Stadtteil Schönwalde auf. Er erlernte das Fußballspielen beim Greifswalder SC unter seinem Vater Roland Kroos, der im Verein als Jugendtrainer arbeitete, früher selbst dort Fußball spielte und heute Trainer der B-Jugend von Hansa Rostock ist. Seine Mutter, Birgit Kroos, war DDR-Meisterin im Badminton. Auch sein jüngerer Bruder Felix spielt Fußball und war bereits U-16, U-17, U-18 und U-19-Nationalspieler.